У меня пропадает сгенерированый файл после сохранения в общих настройках. Если в общие настройки зайти и нажать сохранить, то по нужному адресу - 404 страница не найдена. Так и должно быть?
Сам файл генерируется в папку cache, если стоит галочка на принудительную очиску кеша в общих настройках, то файл удалится вместе с кешем, снимайте галочку и сново генерите sitemap.xml. Я зделал иначе, перезалил сгенерированный файл sitemap.xml в корень сайта, переписал пути xml_sitemap.php. Минус этого, то что при добавлении товара на сайт надо в ручную заменять файл на новый.