Занимается этим catalog_products_categories.php (то, что находится ниже ВТОРОГО вхождения строки "//save changes in current category").не подскажешь, что могло повлиять на правильную работу (а главное какой файл(ы)) за это отвечают ?
Первым делом проверь, а сохраняются ли другие параметры. Например, цена.
Продолжать лучше в отдельно созданной теме, т.к. к этой вопрос явно никаким боком.
Проверил, все остальные параметры сохраняются без проблем, т.е. даже если я в сортировке указываю "-1", то -1 и записывается, но товар остается на своем месте (а должен соответственно в начало выше всех нулей переместиться). В общих настройках стоит по умолчанию стандартная сортировка.
Самое интересное, что заменил этот файл файлом с сайта, на котором сортировка работает правильно, и ничего не изменилось (на том сайте не установлено дополнение с картинками TOP, СКИДКИ и т.п.) (кэш естественно чищу и вручную и галочка стоит)