Не уверен, что понял, а разве не должно работать при отключенной? Мне казалось она нужна только для корректного вывода кириллицы.Тут, скорее, надо разбираться в том, почему оно работает при отключенной перекодировке.
Результат аякс-запроса должен возвращаться в UTF8. Именно поэтому там и вставлена перекодировка результата обработки смарти-шаблонов, ведь он (результат) в кодировке cp1251.
А для чего перекодирвка эта в исходниках модуля вообще? Для каких случаев? Ведь исходники shopcms в cp1251 да и база тоже...