iNETsHOP даже в платной версии напрямую с ней не работает.
Сама программа умеет работать с mysql и через HTTP-тонель и напрямую, но я пока туда не лезу - нет знаний.
Кстати, замечу что сам МС СКЛ может работать со связанными серверами через драйвера ODBC, выходит и с mysql тоже можно работать в одном СКЛ-запросе.